Untuk menghapus aplikasi di bawah Wine menggunakan cara sebagai berikut :
1. Folder Home
2. Edit
3. Preferences
4. Show hidden and backup files (dicentang)
menu program tersebut biasanya untuk per-user disimpan dibawah :
5. $Home /.config/menus/applications-merged/
Kemudian hapus aplikasi
6. $Home /.local/share/applications/wine/Programs/
Kemudian hapus aplikasi